Molto difficile è ricostruire le iniziali vicende storiche di Poggio Nativo per l'esigua quantità di documenti nelle fonti medioevali. Rimasto probabilmente alle dirette dipendenze della Santa Sede fino al secolo XIV, passò poi alla famiglia baronale dei Savelli che ne detenne il possesso fino al 1633, quando, al declinare delle fortune familiari, fu costretta a venderlo per 105.000 scudi al principe Marcantonio Borghese. La presenza di superbi edifici che ancora oggi si possono ammirare all'interno del paese sono la testimonianza eloquente della potenza delle famiglie che vi abitarono e della floridezza economica raggiunta dalla comunità. Particolarmente intensa fu nel XIX secolo la partecipazione degli abitanti di Poggio Nativo agli eventi nazionali che portarono all'avvento della Repubblica Italiana.

Complesso monastico di San Paolo, risalente al XIII secolo, sorge appena fuori il centro abitato. Fondato per volere di Farfa, fu anticamente monastero di monache benedettine che vi rimasero fino all'assedio del 1460, quando Pio II ordinò il loro trasferimento a Roma. Lasciato in stato di abbandono per molti anni, fu ricostruito ed ingrandito dai frati Francescani cui il monastero fu ceduto da Pio II nel 1471. La vecchia chiesa fu trasformata in Coro, arredato con magnifici scanni in legno intarsiato, ancora oggi ben conservati. L'attuale chiesa fu costruita ex novo. Al suo interno è possibile ammirare il monumentale altare maggiore, riccamente ornato di pregevoli marmi, affiancato dalle statue di S. Giacomo e di S. Filippo e sormontato da una tela seicentesca rappresentante "l'Apparizione del Santissimo Sacramento e due frati Francescani".

Nell'unica navata sono presenti sei cappelle, concesse in patronato alle nobili famiglie del luogo, i cui stemmi gentilizi sono tutt'ora visibili negli archi. Nella terza cappella di sinistra sono presenti due affreschi risalenti al 1560, raffiguranti San Biagio e San Giovanni Battista e nella terza cappella di destra è conservata una tela ovale con la Madonna in trono con Bambino e tre Angeli. Il convento, ricostruito nel '400, è stato ripetutamente rimaneggiato: l'ampio chiostro è decorato da lunette rappresentanti episodi della vita di San Francesco. Il portale della vecchia chiesa, utilizzato per la nuova costruzione, conserva ai lati delle pitture murali rappresentanti la decollazione di San Paolo e la Crocifissione di San Pietro. Nei primi anni del '900 fu per caso trovato un trittico dipinto dal pittore Antoniazzo Romano attualmente esposto alla Galleria Nazionale di Roma (Palazzo Barberini).